Degenau liegt am alten Pilgerweg von Konstanz nach St. Gallen unterhalb des Schlosses Blidegg an einer Furt der Sitter (Fähre).
Der Hof Degenau (Tegerunouva) wird 898 als Besitz der St. Galler Kirche St. Mangen bestätigt. Man geht davon aus, dass von dort wohl um die Mitte des 12. Jahrhunderts die Gründung der Kapelle veranlasst wurde. Ab 1388 ist die Kapelle Degenau als deren Filiale belegt.
Da die Kapelle auch den teils katholischen, teils reformierten Herren von Schloss Blidegg als Hauskapelle diente, prägten diese die Geschichte der Kapelle Degenau mit. So untersagte 1568 der neue Herr von Blidegg, Walter von Hallwyl, das Abhalten von katholischen Messen. Bis 1614 fanden daher reformierte Gottesdienst statt. Nachdem das Schloss Blidegg jedoch wieder durch einen katholischen Hallwyler übernommen wurde, kam es zur Rekatholisierung.

Im Spätmittelalter waren die Einwohner nach Bernhardzell kirchgenössig. Um 1530 traten sie zur Reformation über und gehörten fortan zum reformierten Sitterdorf. Mit der Rekatholisierung war die Kapelle dann wieder im Besitz von Bernhardzell, bevor der Kapellfonds 1833 schliesslich an die katholische Pfarrei Sitterdorf abgetreten wurde.

Ursprünglich war die Kapelle nur dem Hl. Nikolaus, dem Schutzpatron der Reisenden und Schiffsleute, geweiht. Das Magdalena-Patrozinium kam erst im 16. Jahrhundert dazu und geht wohl auf das Büstenreliquiar der Heiligen zurück, das entweder damals gestiftet wurde oder als Fluchtbild aus einem reformierten Gotteshaus hierher kam.

Den Kern des jetzigen Baus bildet das romanische Schiff mit dem eingezogenen, würfelförmigen Altarhaus, aus dessen Südwand in der Spätgotik ein Masswerkfenster herausgebrochen wurde. 1577 bis 1582 hat man die Kapelle für reformierte Gottesdienste hergerichtet, aber bereits 1614 rekatholisiert. Damals erfolgte der seitliche Anbau der Sakristei, 1898 die Umgestaltung im Westen durch Anfügung einer Emporenanlage in Fachwerk.
Bei der Restaurierung von 1945 wurden unter der Tünche Wandbilder aus der Zeit der Romantik entdeckt. Schlecht erhalten und kaum mehr deutbar ist die Bildfolge der Nikolauslegende an der Chorwand. Im Altarhaus jedoch, hinter dem schiefen gedrückten Triumphbogen, erkennt man in gemalten Arkaden Apostelfiguren, die Schlüsselübergabe an Petrus und in der Laibung des Stirnfensters (eine moderne Kopie nach der „Flumser Madonna“ im Schweizerischen Landesmuseum) erstaunlich frisch die Gestaltung von Kain und Abel: alles um 1160 gemalte romanische Werke, in denen die Reichenauer Malerei aus ottonischer Zeit nachwirkt.

Nicht erst seit dem Kassenschlager The Da Vinci Code – Sakrileg von 2006 wird über Maria von Magdala spekuliert und wohl auch verspekuliert. In der Kunst wurde in allen Farben und Posen sowie mit viel Fantasie eine leicht bekleidete oder manchmal auch nackte Frau dargestellt, die wohl eher Männerfantasien befriedigt denn der damit gemeinten Person entspricht. Es ist dies die Sünderin, die Jesus die Füsse salbte (vgl. Lk 7,37-38).
Doch hat die namenlose Sünderin im Lukasevangelium nichts mit Maria Magdalena zu tun. Der bedeutende Theologe Origines (185-254) unterscheidet noch klar zwischen Maria von Bethanien, Maria Magdalena und der namenlosen Sünderin. Doch im Kommentar von Ephraim dem Syrer (373) und vor allem bei Papst Gregor dem Grossen (um 540-604) wurden aus drei Frauen eine, was von da an in die Legenden und Fantasien einging, ohne in der Bibel eine entsprechende Grundlage zu haben. Doch schon die Evangelien kennen Abweichungen. Nach den Synoptikern (Mt, Mk, Lk) wurde Maria von Magdala mit anderen Frauen zusammen die erste Zeugin des leeren Grabes. Beim Evangelium des Johannes ist Maria von Magdala frühmorgens alleine und als Erste beim leeren Grab. Sie geht sofort zurück und informiert Simon Petrus und den Jünger, den Jesus liebte (Joh 20,2).
Nachdem die beiden Jünger das leere Grab gesehen haben und wieder nach Hause gegangen waren, bleibt Maria von Magdala weinend vor dem Grab. Nachdem Jesus die Weinende mit «Maria» angesprochen hat, erkennt sie ihn. Doch gibt es hier kein filmisches Happyend. «Halte mich nicht fest», sagt der Auferstandene zu ihr und gibt ihr, der Frau, den ersten Verkündigungsauftrag: «Geh zu meinen Brüdern und sag ihnen: Ich gehe hinauf zu meinem Vater, zu meinem Gott und zu eurem Gott» (Joh 20.17).
Die kostbare Reliquienbüste der Hl. Magdalena befand sich ursprünglich in der Kapelle Degenau, wird heute aber aus Sicherheitsgründen in Sitterdorf aufbewahrt.